根据国务院批准吐鲁番地区撤地设市的决定，吐鲁番地区农机局按照上级要求，认真做好撤地设市更名的准备工作，先后重新制作牌匾、刻制公章、印制公文，确保单位更名后各项工作能紧密衔接。
根据吐鲁番市委办、政府办下发《关于吐鲁番党政群机关及事业机构更名的通知》（吐市党办发〔2015〕12号）精神，吐鲁番地区农牧业机械管理局正式更名为吐鲁番市农牧业机械管理局，其直属单位相应更改名称，现已正式更名挂牌。