自11月6日12时整下闸蓄水以来，鄯善县柯柯亚二库已蓄水至死水位833.41米，蓄水量达60万立方米（死库容）。目前，水库初期运行情况良好。
该工程总投资1.6452亿元，历时2年多的工程建设全面竣工。水库蓄水已至死水位，意味着工程开始发挥效益，进入正常运行期。此后，水库逐步蓄水至正常蓄水位847.87米（对应库容710万立方米）。