近年来，昌吉市大力调结构、转方式、增效益，立足资源优势，加快转变农业发展方式，着力打造特色产业集群。培育种业集群。累计投入1500万元，培育出“育繁推一体化”种子企业3家，全国种业50强企业2家，国家级审定品种1个，自治区级审定品种10个；投资9.8亿元，建设集种子研发、培育、展示、交易于一体新疆全优农资交易市场。2015年荣获全国制种大县奖励，获得补助资金3000万元。打造葡萄产业生产加工集群。按照“规模调大，结构调佳，品种调优，效益调高”的思路，大力发展特色林果产业。发展林果面积10万亩，林果收入达4.3亿元，占农牧民纯收入的21.8%。酒庄产业不断换档升级，酿酒葡萄种植面积2.5万亩，拥有集葡萄种植、葡萄酒生产和销售于一体的酒庄10家。发展水产养殖集群。按照“巩固面积、增加特色、提升品质、规模发展”的思路，养殖水面达到1.9万亩，水产品总产量连续22年在全疆排名首位，产量首次突破1万吨，经济总产值达2.7亿元，水产养殖结构不断趋于合理。